水污染控制与城市水系统学科方向主要由废水处理与污染物资源化、城市水系统与水土环境研究两个课题方向组成。岳秀萍教授负责的“废水处理与污染物资源化”科研团队，面向本领域国内外科技前沿，立足服务区域产业重点行业和公用事业，以高浓度高毒性有机废水、城市污水、污水污泥为主要研究对象，聚焦污染物控制与能源资源化利用、节能产能型废水生物处理等关键技术研发，依托山西省工业与城市污水处理工程技术中心、山西省污泥处置与资源化工程技术研究中心科研平台，在难降解和新兴污染物高效去除与脱毒、焦化废水特征污染物含氮杂环化合物生物强化和深度处理、低碳氮比城市污水深度脱氮等方面开展研究工作；针对生物质废弃物，如市政污泥、煤基固废、农业秸秆、酿造废弃物、有机生活垃圾、餐厨垃圾、畜禽粪便等，利用微生物发酵方式进行产能研究。以沼气、氢气和脂肪酸等高附加值化学品为终端产物，通过高含固厌氧产沼、暗/光发酵产氢、剩余污泥短程发酵产酸等工艺实现其资源化利用。

崔建国教授负责的“城市水系统与水土环境研究”科研团队，主要针对城市水系统，开展海绵城市、防洪排涝、城镇给排水系统优化与智慧水务的研究工作；针对城市水环境问题，开展城市供水水质安全保障、市政污水处理、工业废水处理，以及生态湿地系统水处理过程研究；针对土壤和地下水，开展生物质炭对土壤中氮循环影响机理、土壤重金属污染物固定化与原位修复、水资源利用与保护、地下水中污染物的迁移、地下水环境影响评价等研究工作。